| Nomor Rute | Rute | Koridor yang terintegrasi | Operator |
|---|---|---|---|
| 1B† | Stasiun Palmerah – Tosari | 1, 3F, 6B,9, 9A, 9B, 9K, 13C | MYS |
| 1F (**) | Stasiun Palmerah – Bundaran Senayan | 1,3 3F, 9, 9A, 9C, 13C | MYS |
| 1H | Stasiun Tanah Abang–Stasiun Gondangdia | 1, 6A, 6B, 9B | TJ |
| 1N† | Stasiun Tanah Abang–Terminal Blok M | 1, 3, 3F, 6A, 6B, 9B, 9C, 13, 13C | MYS |
| 1R† | Stasiun Tanah Abang–Terminal Pasar Senen | 2, 2A, 2D, 7, 7F | TJ |
| 2P† | Stasiun Gondangdia–Terminal Pasar Senen | 2, 2A, 2D, 7, 7F | TSW |
| 2Q† | Stasiun Gondangdia–Balai Kota DKI Jakarta | 2, 2A, 2D, 7, 7F | TSW |
| 4B | Stasiun Manggarai – Universitas Indonesia (via Jalan Lenteng Agung–Jalan Pasar Minggu Raya) | 4, 4D | MYS |
| 5B | Stasiun Tebet – BNN (via Jalan Otto Iskandardinata) | 5, 5C, 5D, 7, 11, 13, 13F | TJ |
| 5F | Stasiun Tanah Abang–Stasiun Tebet (via Jalan Prof. Dr. Satrio–Jalan K.H. Mas Mansyur) | 5, 7, 11, 13, 13F | TJ |
| 5M | Stasiun Tanah Abang–Terminal Kampung Melayu (via RP Soeroso–Cikini Raya) | 4, 4D, 4H, 4M, 5, 5C, 5D, 5E, 7, 11, 11V, 13F | TJ, MYS |
| 6C | Stasiun Tebet – Karet Tengsin (Jalan K.H. Mas Mansyur dan Jalan Karet Pasar Baru Timur) (via Jalan H.R. Rasuna Said) | 4D, 6, 6A, 9M, 13D | TSW |
| 6D | Stasiun Tebet – Bundaran Senayan (via Jalan Prof. Dr. Satrio & Bendungan Hilir) | 1, 6B, 9C, 10H | MYS |
| 6E | Stasiun Tebet – Karet Tengsin (Jalan K.H. Mas Mansyur dan Jalan Karet Pasar Baru Timur) (via Jalan Dr. Ide Anak Agung Gde Agung) | 4D, 6, 6A, 9M, 13D, 13E | TSW |
| 6F (*) | Stasiun Manggarai–Kebun Binatang Ragunan | 4, 4D, 6, 6A, 6B, 9, 9M, 13, 13D, 13E | TJ |
| 6M† | Stasiun Manggarai – Blok M | 1, 3, 4, 4D, 6A, 6B, 9A, 9B, 9C, 9M, 13D, 13E | MYS, PPD, TJ |
| 7D | TMII – Tegal Parang | 5C, 5D, 7F, 7M, 9A, 9B, 9C, 10 | MYS, BHL |
| 8C | Stasiun Tanah Abang – Pasar Kebayoran Lama | 8 | TJ |
| 8M | Stasiun Tanah Abang – S. Parman Podomoro City | 3, 8A, 9 | TSW |
| 9D† | Terminal Pasar Minggu–Stasiun Tanah Abang | 1, 6A, 6B, 9A, 9B, 9C, 9K, 9M, 13B, 13C, 13D, 13F | MYS |
| 11T | Stasiun Cakung – Terminal Pulo Gebang | 11 | TJ |
| 11U | Stasiun Cakung – Terminal Pulo Gebang (via Cakung Cilincing) | 11 | TJ |
- (*) hanya beroperasi pada akhir pekan (Sabtu-Minggu) dan hari libur nasional.
- (**) hanya beroperasi pada hari kerja (Senin-Jumat).
- (†): Di hari Minggu, rute beroperasi mulai jam 11.00 WIB sampai dengan 22.00 WIB setelah hari bebas kendaraan bermotor di koridor Sudirman-Thamrin dan sebagian jalan di kotamadya DKI Jakarta.
Selain itu, PT Transportasi Jakarta juga menyediakan bus pengumpan di stasiun kereta api KRL Commuter Line agar penumpang KRL tidak kesulitan untuk berganti moda transportasi. Bus pengumpan tersebut telah beroperasi di Stasiun Tebet, Stasiun Palmerah, Stasiun Manggarai, dan Stasiun Tanahabang. Stasiun lainnya direncanakan akan dilayani oleh Transjakarta Feeder pada tahun 2016-2017.
Mulai tanggal 28 Desember 2016, PT Transportasi Jakarta mengujicobakan rute pengumpan stasiun KRL baru dengan rute Stasiun Bekasi–Pulo Gebang untuk meningkatkan pelayanan transportasi bagi masyarakat Kota Bekasi dan Jakarta. Selain itu rute tersebut juga berguna untuk pengguna jasa KRL Commuter Line dan kereta api jarak jauh untuk menuju ke Terminal Pulo Gebang.
Mulai 28 Desember 2017, PT Transportasi Jakarta dan BPTJ mengoperasikan rute dari dan ke Stasiun Sudirman Baru untuk mempermudah mobilisasi penumpang yang akan menaiki kereta api Bandara Soekarno-Hatta.
